Созданный экономический отдел дублировал статистический отдел Сибсовнархоза, поэтому на основании постановления Сибревкома от 27 октября 1920 года, путем слияния экономического отдела Сибревкома и статистического отдела Сибсовнархоза, был образован статистическо-экономический отдел Сибсовнархоза. Руководство отделом осуществляла коллегия, состоявшая из председателя и трех членов коллегии.
Возникновение экономического отдела определило создание плановых комиссий, которые были учреждены декретами от 17 и 22 марта 1921 года.
Далее последовало постановление Сибревкома от 1 июня 1921 года «Об образовании Сибирской государственной плановой комиссии (Сибгосплан)». Фактически экономический отдел Сибревкома прекратил свое существование и начал работу Сибгосплан 1 сентября 1921 года.
В июле 1922 года Сибгосплан переформировался в Сибирскую плановую комиссию на основании постановления ВЦИК от 08.06.1922 и постановления президиума Сибревкома от 04.07.1922. Во главе Сибплана стоял председатель, назначаемый Сибревкомом по соглашению с Госпланом. Члены комиссии назначались персонально Сибревкомом (4-5 человек). Аппарат состоял из трех секций.
В июле 1924 года с целью улучшения организации планирования народного хозяйства была проведена реорганизация Сибирской плановой комиссии.
3 декабря 1925 года Сибирская плановая комиссия ликвидируется и создается Сибирская краевая плановая комиссия.
С 1927 по октябрь 1937 года на территории Западной Сибири работает Западно-Сибирская краевая плановая комиссия.
17 октября 1937 года в связи с образованием Новосибирской области Западно-Сибирская краевая плановая комиссия переименовывается в Новосибирскую областную плановую комиссию.
На основании решения 6 сессии Новосибирского областного Совета от 29 сентября1988 года, Плановая комиссия преобразована в Главное планово-экономическое управление Новосибирского облисполкома.
27 ноября 1991 года, в связи с прекращением полномочий исполнительного комитета Новосибирского областного Совета народных депутатов, постановлением главы администрации области ГлавПЭУ ликвидируется и постановлением главы от 25.12.1991 № 61 образуется комитет по экономике администрации Новосибирской области, с целью разработки и проведения на территории области единой государственной экономической политики. Комитет по экономике 10.05.1995 переименовывается в Главное планово-экономическое управление администрации Новосибирской области, а 1998 году – в Главное экономическое управление администрации Новосибирской области.
В соответствии с Постановлением главы администрации Новосибирской области от 05.01.2001 № 13, создан департамент экономического развития и промышленности администрации области, являющийся правопреемником Главного экономическое управления администрации Новосибирской области.
12 марта 2004 года создается департамент экономики и планирования администрации области, которому переходят функции департамента экономического развития и промышленности.
Министерство экономического развития Новосибирской области (далее – министерство) образовано путем преобразования из департамента стратегического управления и планирования Новосибирской области, в соответствии с постановлением Губернатора Новосибирской области от 19.04.2010 № 130 «О структуре исполнительных органов государственной власти Новосибирской области». Министерство осуществляет свою деятельность согласно положению о министерстве, утвержденному постановлением Правительства Новосибирской области от 01.11.2016 № 360-п.
Министерство осуществляет функции по государственному управлению и нормативно правовому регулированию в сфере мониторинга, анализа и прогнозирования социально-экономических процессов, планирования и оценки эффективности деятельности исполнительных органов государственной власти Новосибирской области по социально-экономическому развитию Новосибирской области; по совершенствованию системы государственного управления; по совершенствованию системы предоставления государственных и муниципальных услуг населению и организациям на базе подведомственного государственного учреждения Новосибирской области «Многофункциональный центр организации предоставления государственных и муниципальных услуг Новосибирской области»; по созданию условий для развития инвестиционной деятельности и конкуренции, формированию и проведению территориальной политики, обеспечивающей устойчивое комплексное социально-экономическое развитие территорий Новосибирской области в пределах установленных федеральным законодательством и законодательством Новосибирской области полномочий, по государственной поддержке развития туристской индустрии в Новосибирской области; в сфере проведения оценки регулирующего воздействия нормативных правовых актов Новосибирской области, а также координацию и контроль за деятельностью подведомственных министерству государственных учреждений Новосибирской области.
В соответствии с приказом Минэкономразвития России от 24.11.2015 № 876, установлен профессиональный праздник – День экономиста и определена дата его празднования – 11 ноября.